1940 baute die Orgelbaufirma Gebrüder Jehmlich ein Positiv (I/8) als op.593, welches auf dem III. Manual der Hauptorgel mitgespielt werden konnte.
Am 13. Februar 1945 wurde ein Teil der Lukaskirche durch die anglo-amerikanischen Bombenangriffe auf Dresden stark zerstört, besonders Turm und Altarraum. Die Orgel war ursprünglich noch spielbar, aber seit Anfang der fünfziger Jahre nicht mehr. Durch Vandalismus in den Sechziger - und Siebzigerjahren wurde die Orgel stark beschädigt und Spieltisch und Positiv aus dem Jahre 1940 von Unbekannten entfernt. Die weitgehend erhaltene große romantische Orgel ist derzeit nicht spielbar und , aber eine Reparatur unmöglichRekonstruktion des Instrumentes wünschenswert.
Ende der 1950er Jahre entstand die Idee, das Gebäude aufgrund seiner zentralen Lage in der Kunst- und Kulturstadt Dresden für Orchesterproben und Schallplattenaufnahmen zu nutzen. Von 1964 bis 1972 erfolgte unter Leitung des Dresdner Architekten Herbert Burckhardt eine vereinfachte Wiederherstellung der Kirche und der Umbau der Kirche zum Tonstudio. Unzählige Klassikaufnahmen entstanden in der Lukaskirche bis zum Ende der DDR.