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Haydn selbst hat für seine große Gönnerin, die Fürstin Marie Josepha Hermenegild Esterházy, mehrere Messen komponiert, die hier zum Teil unter seiner musikalischen Leitung aufgeführt wurden. 1796 die ''Heiligmesse '' anlässlich des Namenstages der Fürstin, 1797 aus Anlass des Besuches des Palatins Erzherzog Joseph die berühmte ''Paukenmesse'', die er am 12. August 1798 selbst dirigiert hat. 1799 war die Uraufführung der ''Theresienmesse '' und 1801 die der ''Schöpfungsmesse''. Als im September 1800 der berühmte englische Lord Nelson in Begleitung seiner Geliebten, Lady Emma Hamilton und deren Gatten Sir William, Eisenstadt besucht, komponiert Haydn die nach dem hohen Gast benannte ''Nelsonmesse '' und das ''Te Deum '' für die Kaiserin. Haydns letztes großes Werk, die ''Harmoniemesse'', wird schließlich am 8. September 1802 aufgeführt.