Umbauten:
1753: durch Ignaz Gatto der Ältere aus Krems wurde die Orgel überholt und umintoniert;
1853: Andreas Stöger (Zwettl) ersetzte die Manualklaviaturen und Trakturen der Manuale und veränderte die Koppeln;
1880: wurden durch Josef Breinbauer (Ottensheim) einige Register zugunsten romantischer ersetzt und die Intonation dem Zeitgeschmack angepasst;
1912: weitere Veränderungen an der Disposition durch die Gebrüder Rieger/Jägerndorf;
1941: wurde von Ferdinand Molzer (Wien) auf der hinteren Empore ein großes elektropneumatisches Werk eingebaut, von dem aus auch die Klaviatur des Hauptwerks der Egedacher-Orgel bespielt werden konnte. 1983 wurde dieses Instrument wieder abgebaut und im Stift eingelagert.
1981–1983 restaurierte Gerhard Hradetzky (Oberbergern) die Egedacher-Orgel mit dem Ziel, den Zustand von 1731 wiederherzustellen. Dies umfasste die Rekonstruktion der originalen Disposition, Spiel- und Registertraktur, Windanlage und Stimmung.
1991 vollendete Jürgen Ahrend (Leer-Loga) die klangliche und technische Restaurierung.