Als Interimsorgel galt nach 1949 im Zuge des Wiederaufbaus des Domes die Aigner-Orgel von 1881 aus der Kirche St. Peter in Mitterlana.
1964, im gleichen Jahr, als die Pfarr- und Propsteikirche zur Konkathedrale der neu gebildeten Diözese Bozen-Brixen erhoben wurde, wurde dann eine dreimanualige Orgel der Schweizer Firma Gebr. Metzler mit 41 Register erbaut, welche 2019 durch die heutige Orgel, ebenfalls aus dem Hause Metzler abgelöst wurde. Metzler stellte zudem 1997 eine Chororgel mit 17 Registern im vorderen Bereich der Kirche auf.
Die jetzige Orgel zählt 59 Register (+ 2 Transmissionen) auf vier Manualen und Pedal und ist die größte Orgel in Südtirol. In Grundzügen ist die Disposition der Vorgängerorgel erhalten, neu ist das 3. Manual (Schwellwerk), die Chamade 8' und der Zimbelstern im Hauptwerk, die Oktav 2' im Rückpositiv (statt der Waldlöte 2' ,die nun im Schwellwerk steht), der Untersatz 32', Prinzipal 16' und die Posaune 32' im Pedal.
|STIMMTONHÖHE =
{{Disposition4
|ÜBERSCHRIFT =
|WERK 1 =I. Rückpositiv
|REGISTER WERK 1 =Gedackt 8’
Quintatön 8’ (ab c°)
''Tremulant''
|WERK 2 =II. Hauptwerk
|REGISTER WERK 2 =Pommer 16’
Prinzipal 8’
''Zymbelstern''
|WERK 3 =III. Schwellwerk (SW)
|REGISTER WERK 3 =Bordun 16’*
Prinzipal 8’*
''Tremulant''
|WERK 4 =IV. Brustwerk (SW)
|REGISTER WERK 4 =Holzgedackt 8’
Spitzgedackt 4’
Subbass 16’
''Bordun 16’ (TRMTM)''*
Oktav 8’
Pommer 8’
''Hohlflöte 8’ (TRMTM)''*
Oktav 4’
{{Verweise
|ANMERKUNGEN = (* = ) Neue Register aus 2019 (**) statt Voce umana 8’ (***) war im Rückpositiv
|DISCOGRAPHIE =
|LITERATUR =
<youtube>https://youtu.be/q1zo0tkBJmg</youtube>
}}
== Die Hauptorgel von 1964 bis 2019 ==