Inzwischen war die 1424 erbaute Kirche zu klein geworden. Die Gemeinde fasste den Entschluss einen Teil der Kirche abzutragen und dem anderen Teil durch Wegnahme des Gewölbes mehr Raum zu schaffen, auch eine neue Orgel sollte angeschafft werden, da die alte ganz unbrauchbar geworden war.
Am 23. April 1839 wurde der Anfang mit der Abtragung eines Teils der Kirche gemacht. Da man inzwischen wahrnahm, daß das Gebäude im Verhältnis zur Breite zu lang werden würde, entschloss man sich, alles bis auf den Turm wegzunehmen. Am 31. August 1839 wurde, da ein trockener Sommer den Bau begünstigt hatte, die Kirche gehoben und Ende Oktober völlig unter Dach gebracht. Im Frühjahr 1840 wurde auch das Turm Dach repariert, der Knopf neu vergoldet und am 1. Advent 1840 konnte die Kirche durch Superintendent Große aus Nossen eingeweiht werden. Den Bau hatte der Kirchenbaumeister Christian Friedrich Uhlig (1774-1848) aus Altenhain bei Chemnitz ausgeführt.
Die neue Orgel von Carl Gottlieb Jeheber (1800-1855) aus Friedebach bei Sayda wurde 1841 fertig gestellt. In Oehme, Bd.3 wird berichtet, dass die Disposition der Orgel von Wilhelm Fürchtegott Jehmlich aus Zwickau entworfen wurde, der auch den Orgelbau in Pappendorf anleitete. Jeheber war ein Schwager von Johann Gotthold Jehmlich und zeitweise Mitarbeiter in den Orgelbaufirmen Jehmlich. In der Neuen sächsischen Kirchengalerie wird berichtet, dass die neue Orgel vom Orgelbauer Jehmlich aus Dresden gebaut werden soll.
1917 erfolgte die Zwangsabgabe der Prospektpfeifen aus Zinn an die Kriegswirtschaft. Im Zeitraum von 1921-1924 fertigte die Orgelbaufirma Alfred Schmeisser (1878-1957) aus Rochlitz neue Prospektpfeifen aus Zink an. In diesem Zusammenhang baute er auch pneumatische Zusatzladen an der Rückwand der Orgel ein und entfernte die Register Sifflöte 1‘ und Cymbel 2fach aus dem Oberwerk. Anstelle dieser beiden Register wurden die Register Konzertflöte 8‘ und Fugara 4‘ eingebaut.
1990 erfolgten die letzte Reinigung und Überholung der Orgel durch Christian Reinhold aus Bernsdorf. Er entfernte die beiden von Schmeisser eingebauten Register und die pneumatischen Zusatzladen. Aus den Pfeifen eines alten Orgelregisters Vox coeleste 8‘, dessen Herkunft nicht bekannt ist, wurde von ihm ein Register Sifflöte 1‘ hergestellt und auf der Windlade des II. Manuals am Originalen Standort eingebaut.
Lexikon norddeutscher Orgelbauer, Bd.2, Sachsen und Umgebung, Pape-Verlag Berlin, 2012. S.168 Jeheber, Carl Gottlieb, Pappendorf, 1841 II/23.
Neue sächsissche Kirchengalerie. Ephorie Leisnig. Parochie Pappendorf. Strauch, Leipzig 1900, Sp.613-622.
Oehme, Fritz: Handbuch über ältere, neuere und neueste Orgelwerke im Königreich Sachsen, Leipzig, Edition Peters, Reprints, 1978. Bd.2, S.40-41 Pappendorf bei Hainichen, Disposition Wilhelm Fürchtegott Jehmlich, Zwickau; Bauausführung durch Carl Gottlieb Jeheber aus Friedebach bei Sayda.