Im 2. Weltkrieg wurde das Kirchengebäude stark beschädigt. 1969 erfolgte eine Sicherung der Bausubstanz.
1953 nahm die Orgelbaufirma Hermann Eule aus Bautzen eine Umdisponierung der Jehmlich-Orgel auf (III/40) vor. 1969 erfolgte der Abbruch der Orgel.
Das Nachfolgeinstrument wurde eine Orgel von der Orgelbaufirma Hermann Eule, die 1953/54 für die Markuskirche in Leipzig-Reudnitz erbaut wurde. 1978 musste die Markuskirche wegen Baufälligkeit abgebrochen werden. Die Orgel konnte 1974 von der Erbauerfirma gerettet werden. Das Instrument wurde nach Dresden-Blasewitz in die Heilig-Geist-Kirche umgesetzt. Nach der Umsetzung erfolgte eine Überholung der Orgel. Das Instrument wurde die Orgel nachintoniert und geringfügig umdisponiert (veränderte Zusammensetzung der HW-Mixtur und der OW-Zimbel, Prinzipalflöte 4’ statt Zink III im OW). Am 25. Juni 1978 wurde fand die Weihe der Eule-Orgel in der Heilig-Geist-Kirche eingeweihtstatt.
2015/16 erfolgte eine Restaurierung der Orgel durch den Orgelbau Ekkehard Groß aus Waditz. Bei dieser Gelegenheit wurden Druckknöpfe für Koppeln und Tremulanten eingebaut.