1767 begann der Wiederaufbau der Johanniskirche als barocker Neubau. Aufgrund von schwerwiegenden statischen Problemen wurde Oberbaudirektor Karl Friedrich Schinkel hinzugezogen, der einen völligen Umbau einleitete. Mit der Bauleitung wurde sein Schüler Carl August Schramm aus Zittau beauftragt. 1837, 80 Jahre nach der Zerstörung des Vorgängerbaus, konnte die Kirche vollendet werden.
Johann Gotthold Jehmlich erhielt 1835 das Angebot eine neue Orgel für die Johanniskirche Zittau zu erbauen. Die Disposition dazu erarbeitete Hoforganist Johann Gottlob Schneider. Der Vertrag wurde 1835 mit 8000 Talern abgeschlossen. Johann Gotthold Jehmlich begann 1837 mit seinem Schüler Karl Traugott Stöckel die Arbeit. 1843 konnte das Werk vollendet werden. Der Dresdner Hoforganist Johann Gottlob Schneider hielt am 28.Mai 1843 die Orgelprobe ab.
Die Orgel besaß nach Ihrer Fertigstellung 55 Register auf 3 Manualen und Pedal.
„…Alles, was in Bezug auf eine fleißige, solide, zweckmäßige, kunstgerechte Bauart und Intonation Anspruch macht, ist in diesem Meisterwerk vereinigt und erfüllt. Die Art und Weise, die Metalle zu mischen, und jeder Stimme den gebührlichen Charakter zu verlei´n, was gewiß bei so wenig Holzstimmen viel sagen will – war eine der Hauptaufgaben, die sich der Orgelbauer gestellt hat…“ Urania, 1854