Das Instrument wurde von Gebr. Jehmlich /Dresden im Jahr 1898 mit 32 Registern auf zwei Manualen und Pedal für die neue Kirche erbaut. Es stammt aus der Frühzeit der pneumatischen Trakturen, als diese Technik in der Entwicklung war, aber rasch allgemeine Verbreitung fand. Die in der Johanneskirchenorgel anzutreffende Bauweise hat Jehmlich nur bei wenigen Instrumenten angewandt. Es handelt sich um mechanische Kegelladen mit Kegelwellen, die von pneumatischen Relais angespielt werden. „Die Orgel ist eine orgelbautechnische Rarität und bedeutendes orgeltechnisches Denkmal“ (denkmalpflegerische Stellungnahme der Sächsischen Landeskonservatorin vom 1.9.14.) Der reiche Prospekt wurde nach Zeichnungen von Theodor Quentin durch den Meißner Holzbildhauer Grosse ausgeführt. Er zeigt über dem Spieltisch die Inschrift „Singet dem Herrn ein neues Lied“ (Psalm 98), darüber zeigen zwei Intarsien den wehklagenden und den jubelnden König David mit den Rufen „Kyrie“ und „Halleluja“. Der Prospekt wird gekrönt von einem singenden Engel, den zwei Posaune blasende Engel flankieren, darüber die Schlussworte des Psalters „Alles was Odem hat, lobe den Herrn“.
Die ursprünglich hochromantische originale Disposition war hochromantisch, d.h. es gab nur 7 "Prinzipal-Register" allerdings mit Geigenprinzipal 8', Aeloine 8', Gedackt 8', Fugara 8', Violine 8', Vox coelestis 8', Fugara 4' (Schwellwerk) und Quintaton 8', Gamba 8', Zartflöte 8' (Hauptwerk) sowie Violonbass 16', Cello 8' (Pedal) gleich 12 "Geigen-Register". Diese ursprüngliche Disposition wurde zwischen 1952 und 1956 gründlich in Richtung Barock-Orgel verändert. Dieser Nach diesem Umbau gab es nur noch 2 "Flöten-Register" aber dafür 14 "Prinzipal-Register". Durch wen diese Arbeiten erfolgten ist momentan leider nicht bekannt. Es wurden wohl auch Spielhilfen (Crescendowalze, Schwellwerklamellen) ausgebaut. Laut Gutachten des Orgelsachverständigen kommt dieser konsequenten und schlüssigen Überformungkommt ebenfalls ein gewisser Denkmalswert zu. Es sind , da nur noch wenige Orgeln mit diesem Klangbild erhaltensind. Wir haben uns auf Auf Empfehlung der Denkmalbehörde dafürwurde für die Sanierung ab 2011 entschieden, das Originalmaterial an Pfeifen beizubehalten und harmonisch zu einem vielseitigen neubarocken Klangbild zusammenzufügen. Auf diese Weise bleibt dieGeschichte der Orgel klanglich weiter hörbar, ergänzt durch 4 neue Register(Fugara 4' im Schwellwerk, Gambe 8' und Quinte 22/3 im 1. Hauptwerk und Dolkan 4' im Pedal), die den ursprünglich romantischen Klang wieder erahnen lassen.
Die Orgel wurde 2016 durch die Firma Orgelbau Ekkehart Groß aus Waditz bei Bautzen saniert. Dabei erhält erhielt die Orgel viele die oben erwähnten ursprüngliche romantische Spielhilfen zurück, diewelche überwiegend noch vorhanden sind. Einige Nacharbeiten an den Spielhilfen stehen noch auswaren.
Die Orgel ist ungleichschwebend nach Billeter gestimmt.
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